Las universidades de Manizales, en términos generales, vienen consolidando su vocación investigadora y obteniendo resultados destacados en medio del panorama de las instituciones de educación superior en Colombia. Inclusive, aunque la delantera ha estado en manos de las universidades públicas, las privadas de la ciudad comienzan a aparecer en mejores posiciones que en mediciones pasadas. Así se evidencia en el ránking U Sapiens de investigación, conocido recientemente, donde la Universidad de Manizales subió del puesto 41 al 36 en el país, mientras que la Autónoma se ubicó en la casilla 37 (el semestre pasado estuvo en el 44), entre 358 instituciones analizadas en Colombia.
La Universidad de Caldas se mantuvo entre las 15 primeras, en el puesto 13 (es la segunda en el Eje Cafetero, después de la Universidad Tecnológica de Pereira, que es 12), y aunque la sede local de la Universidad Nacional no aparece en la clasificación por no tener su propia revista indexada, es claro que de tenerla también estaría en lugar muy destacado en este ránking. Valdría la pena que, como lo han hecho las sedes de Palmira y Medellín, la Nacional de Manizales buscara crear su propia revista y así pueda contar de manera independiente y no, simplemente, seguirle sumando puntaje a la sede principal de Bogotá. 
Yendo al detalle de cada una de las instituciones, es de resaltar que la Universidad de Manizales, que hace cuatro años tenía 38 investigadores tiene ahora 89, y que 9 de sus 17 grupos de investigación están en categorías superiores, avalados por Colciencias. Se demuestra con esto que las inversiones hechas en este ámbito tienen resultados muy positivos en un tiempo relativamente corto, ya que en el segundo semestre del año pasado su ubicación era la 45. Hoy allí son cada vez más importantes los avances en procesos de innovación y desarrollo tecnológico, lo mismo que en producción intelectual de alcance internacional, lo que fortalece la vocación universitaria de la ciudad.
La Autónoma tiene también un proceso bastante interesante, ya que hace un año estaba en el puesto 55 en dicho escalafón. Se puede afirmar que es la que más rápido asciende en la clasificación, 18 lugares en solo un año habla de los esfuerzos que se vienen haciendo en esa materia, para tener cada vez más y mejores grupos de investigación avalados por Colciencias en materias tan diversas como salud pública, automática, neuroaprendizaje, diseño mecánico, cognición y educación, entre otros. En esta ocasión no figuró la Universidad Católica, que en todo caso sigue haciendo una inversión, en personal y funcionamiento, cercana a los $3.200 millones. Tiene un doctorado y aspira a pasar de 7 a 11 maestrías. Claro que más que U Sapiens su objetivo son los logros ante Colciencias, lo que motiva a la institución en diversos proyectos.

En general, las universidades con sede en Manizales avanzan en forma franca en investigaciones de alto nivel, en publicaciones indexadas de amplio alcance, en cantidad de posgrados con cada vez mayor número de egresados que también siguen el camino de la investigación. Todo esto redunda en una educación superior de mejor calidad a cada paso, lo cual se ratifica con informes como los desarrollados por Manizales Cómo Vamos, donde se observa que la imagen de la capital caldense como ciudad universitaria está respaldada en cifras y en datos como que el 41% de quienes estudian en las universidades locales provienen de otros departamentos como Valle del Cauca, Nariño, Tolima y Risaralda, y que el impacto del sector en la economía local es de, aproximadamente, el 7%. Estamos bien encaminados, pera hay que seguir mejorando.